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生物是按“級”進行分類的。首先，按生物最基本的區別，把生物分成不同的“界”，這是生物最大的一級分類單位；然后，按界內生物最基本的區別把界內生物分成不同的“門”；依次往下，進行門內分“綱”、綱內分“目”、目內分“科”、科內分“屬”和屬內分“種”，種是生物最小的一級分類單位或基本單位。

生物的界級分類隨著人們研究技術的改進和認識的深入，從先到后大致提出了如下幾個分類系統：

1 兩界系統

瑞典生物學家林奈(1707～1778)，注意到周圍的生物有固著不動和自養型的植物，也有自由行動和異養型的動物。因此，他把整個生物分成相應的兩大類：植物界和動物界，即所謂的兩界分類系統。該系統把細菌類、藻類和真菌類歸入植物界，把原生動物類歸入動物界。在分類上，這個系統自問世以來，一直沿用到20世紀50年代。

2 三界系統

在二界分類系統，對于原生動物，如我們熟悉的草履蟲、變形蟲和瘧原蟲等，因它們能自由運動和屬異養型，歸入動物界；一些藻類，如裸藻和甲藻，因它們不能自由行動和屬自養型，歸入植物界。但它們有一共同的基本特點：單細胞生物，在結構上遠比多細胞的動物和植物簡單。所以，1866年，德國生物學家海克爾(E·H·Haeckel)，從進化觀點，在兩界分類系統的基礎上又增加1個原生生物界，包括單細胞動物和其他一些難以歸入動物界或植物界的單細胞生物，作為植物界和動物界的祖先。這個三界(原生生物界、植物界和動物界)分類系統，初步地反映了生物進化的途徑。

3 四界系統

在三界分類系統，只因真菌類(如我們日常食用的蘑菇以及遺傳上常用的實驗材料粗糙脈孢菌和面包酵母)固著生活和有細胞壁而歸入植物界。但真菌細胞壁的化學組成是幾丁質(而不是纖維素)，儲存的是糖原(而不是淀粉)，這些都有別于其他植物。真菌雖為異養型，但主要為腐生或寄生，有別于動物的異養攝生或異養攝食；真菌為細胞外消化，即把其消化酶分泌到食物上，在胞外把食物分解后再吸收到胞內供利用，也有別于動物的細胞內消化。由于真菌與植物和動物的上述明顯差異，所以在1959年惠特克(R·H·Whittaker)提出了另立1個真菌界的四界(原生生物界、真菌界、植物界和動物界)分類系統。

4 五界系統

隨著顯微鏡技術的發展，可把細胞分成兩大類：原核細胞和真核細胞。原核細胞很小，其體積約為真核細胞的千分之一；原核細胞染色體為裸露DNA(即沒有與蛋白質結合)，其周圍也沒有膜與細胞其他部分隔開(即為原核)，真核細胞染色體為DNA和蛋白質的結合物，且有核膜與細胞其他部分隔開(即為真核)。這兩大類細胞的差異，反映了生物進化的不同水平，所以惠特克于1969年又提出了五界分類系統：原核生物界，包括細菌和其他原核生物；原生生物界，包括單細胞真核生物，如原生動物和多數藻類；真菌界；植物界；動物界。這是目前應用最為廣泛的分類系統，因它基本上反映了地球細胞生物的進化歷程。在結構上，從原核生物界進化到單細胞的真核生物(原生生物界)，再進化到多細胞的真核生物；在營養上，從異養生物進化到自養和異養共存，構成了一個完善的物質和能量循環體系。

5 兩總界五界分類系統

我國學者陳世驤等認為，上述五界分類系統把原生生物界列為一個中間階段，削弱了原核與真核兩個基本階段的對比性；在原核生物界和原生生物界內，也沒有考慮生態關系。為此，去掉原生生物界而成為兩總界五界分類系統：原核總界(分為細菌界和藍藻界)和真核總界(分為植物界、真菌界和動物界)；原來屬于原生生物界的生物，依情況分屬到植物界、真菌界和動物界。

6 六界分類系統

隨著分子生物學技術的進步，人們發現在五界分類系統中，原核界的細菌在形態上盡管很相似，但根據分子水平上的差異可明顯分成兩大類：古細菌和真細菌。例如，在古細菌中，存在TATA鍵合蛋白盒子(ATTA box-bindingprotein)，這也是真核生物中RNA多聚酶Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ的基本轉錄因子，但在真細菌中卻沒有這種轉錄因子。又如，在核糖體RNA(rRNA)的同源性上，在細胞壁和細胞膜的成分上，以及在轉移RNA(tRNA)稀有堿基的差別上，古細菌和真細菌都有明顯不同；這個不同甚至要超過它們各自與真核生物的不同。所以，沃斯(C·R·Woese)認為，應把原核生物界分類兩界：古細菌界和真細菌界。古細菌界的細菌主要生活在一些極端環境中，如沼澤地底層(甲烷細菌)、熱泉(如布氏火盤菌，最適生長溫度達105 ℃)等。真細菌界的細菌為常見類型，有共生的，如遺傳研究的重要細菌大腸桿菌；有寄生和致病的，如沙門氏菌和葡萄球菌。真細菌界還包括藍綠藻。

關于六界間的生物在進化上的關系，沃斯根據它們在分子水平上的差異認為，所有生物有3種最基本的類型：古細菌、真細菌和最簡單的真核生物。由于它們彼此間在分子水平上的差異大小近于相等，所以它們可能或多或少直接起源于地球上的原始生命，即原始生命在自然選擇過程中，或遲或早地出現了這3種類型的獨立進化途徑。

開始，可能古細菌在地球上占優勢，因為它們的代謝很好地適應了原始地球條件(富有二氧化碳，缺氧、高溫)。往后，當氧成為大氣的主要成分和地球溫度逐漸變冷時，適合于需氧和較低溫度的真細菌又可能占優勢。關于真核細胞的起源一直是個謎。根據分析，真核生物葉綠體的RNA和藍綠藻的RNA極為相似，而有些真核細胞的基因又與古細菌的極為相似，所以最簡單的真核生物可能有復雜的起源，即原始生命、古細菌和真細菌都可能參與了這一過程，再后，最簡單的真核生物，在長期的自然選擇過程中又進化成四界：原生生物界、植物界、真菌界和動物界。

病毒是結構上極為簡單的非細胞生物。病毒是生物，是因它具有生命的某些特征，如借助于宿主細胞可以進行繁殖，以產生更多的病毒。但其簡單的結構，到底是原始地球上的最初生命形式，還是原核界生物退化的產物，現尚無定論，從而也還不能確定其分類地位。