臺灣小鯢的繁殖方式是通過卵生進行的。繁殖活動主要集中在每年的11月至次年的1月,這是它們的繁殖季節。在這個時期,雌性小鯢會在流溪中產卵,每個產卵囊內平均含有14.5粒卵,卵的顏色呈淺黃白色,直徑大約為4.3毫米。孵化過程大約需要3個月的時間,新生的幼體在孵化出來后,其頭體長度為10.7毫米。
幼體出生后,體內還儲存著豐富的卵黃,這是它們在變態前的主要營養來源。在這段時間內,幼體幾乎不攝取外部食物,它們依賴卵黃中的營養維持生命。經過大約兩個月的發育,幼體完成了變態過程,這時它們的頭體長度平均已經增長到14.5毫米,標志著它們進入了新的生長階段。
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